明朝晚期,居住在东北地区的满族开始兴盛起来,于1644年入关,自李自成攻克北京后不久,驱逐李自成,进入北京,建立了清朝,当时明朝旧臣郑成功南撤到台湾岛,并驱逐了那里的荷兰殖民者,后来被清朝军队攻下。清朝在之后的半个世纪还攻打并占领许多地区,例如新疆、西藏、蒙古以及台湾。康熙年间,清廷还与沙俄在黑龙江地区发生战争,最终于1689年签订中国历史上第一个条约——《中俄尼布楚条约》。清朝统治者实行闭关锁国政策,使中国在历史上落后了。
到了19世纪初,清朝已经走向衰落,在嘉庆年间先后爆发白莲教、天理教的大规模起义。与此同时海 上国英国、荷兰与葡萄牙等纷纷开始强制与中国进行贸易。1787年,英国商人开始向华输入鸦片,导致中国的国际贸易由顺差变为巨额逆差。清廷于1815年颁布搜查洋船鸦片章程,然而英商无视禁令依然走私大量鸦片,道光皇帝于1838年派林则徐赴广州禁烟。1839年6月,将237万多斤鸦片在虎门销毁,史称虎门销烟。英国政府因此于1840年6月发动鸦片战争。1842年,英军进入长江,切断江南对北京的物资供应,于是清廷求和,《南京条约》签署,除在东南沿海开放上海等5个通商口岸之外,还割让香港岛,这是近代中国与帝国主义签订的第一个不平等条约,主权受到破坏。一般中国大陆史学界认为这是中国近代史的开始。
与此同时中国国内反抗清朝的斗争再度兴起。1851年至1864年间,受到基督教影响的秀才洪秀全建立拜上帝会,在广西桂平县武装发动金田起义并创建了太平天国。太平天国曾经一度占领南方18个省份,并定都天京(今南京),建立政教合一的中央政权。同一时期其它的运动还有天地会、捻军、上海小刀会起义、甘肃回民起义等。这些反抗清朝的斗争直到1860年代中期才基本平息下来。
19世纪后期,英、法、俄、日等多次侵入中国,强迫中国与之签定不平等条约。1860年,英法联军在第二次鸦片战争中,侵入北京,掠夺并烧毁皇家园林圆明园,随后与清廷签定《北京条约》,新开放长江沿岸和北方沿海的通商口岸。俄国则通过《瑷珲条约》、中俄《北京条约》和《中俄勘分西北界约记》,割去中国东北和西北140多万平方公里的领土。1895年,中国在中日甲午战争中战败后,与日本签定《马关条约》,赔偿日本2亿两白银,并割让辽东半岛、台湾、澎湖列岛给日本。
为了增强国力并巩固国防,清朝自1860年代开始推行洋务运动,国力有所恢复,并一度出现了同治中兴的局面。洋务运动是以“自强,求富”为口号,开展了一场“师夷长技以制夷”的改良运动,实质是维护清王朝的统治,一般学者认为洋务运动是中国近代化的开端。1877年清军收复新疆,1881年通过《伊犁条约》清军收复被沙俄占据多年的伊犁。中法战争后清朝还建立了当时号称所谓亚洲第一、世界第六的近代海军舰队—北洋水师。甲午战争时期,李鸿章受命,作为全权大臣赴日本议和。尽管行前清廷已授予李鸿章割地赔款的全权,但他仍期望“争得一分有一分之益”,与日方代表反复辩论。在第三次谈判后,李鸿章于会住处的路上遇刺,世界舆论哗然,日方因此在和谈条件上稍有收敛。三月十六日,李鸿章伤稍愈,双方第四次谈判,日方对中国赔款2亿两白银(原本是3亿两),割让辽东半岛及台湾澎湖等要求表示不再让步,日方和谈代表伊藤博文谓,李鸿章面前“但有允与不允两句话而已”。事后日方继以增兵再战进行恫吓。李鸿章等连发电报请示,光绪皇帝同意签约,命令“即遵前旨与之定约”。二十三日,《马关条约》签字。
马关条约签订后,在全国引起强烈反响。康有为等发动公车上书,掀起维新变法的高潮。维新变法由于持续时间短也被称为“百日维新”李鸿章虽然也视马关签约为奇耻大辱,发誓终生不再履日地,并倾向变法。但在“国人皆曰可杀”的汹汹舆论下,成了清廷的替罪羊。甲午战后,李鸿章被解除了位居25年之久的直隶总督兼北洋大臣职务,投置闲散。
1899年,义和团运动爆发,以“扶清灭洋”为宗旨并在慈禧太后默许下开始围攻外国驻北京使馆。于是,各国以解救驻京使馆人员的名义侵入中国,史称八国联军侵华。1901年,清政府被迫与各国签定辛丑条约,赔款4.5亿两白银,分39年还清(本息合计9.8亿两),同时从北京到山海关铁路沿线由各国派兵驻扎,开北京东交民巷为使馆区,国人不得入内等。