明代都城先后有京都南京、北京开封、中都凤阳、京都北京几处。世宗时还曾以其父兴献王封地湖广安陆府为兴都。

元至正十六年(1356)，朱元璋攻占集庆，改集庆路为应天府。二十四年在此称吴王，建百司官署。二十六年八月，拓应天府城，命刘基等在旧城东钟山之阳建吴王新宫。吴元年(1367)九月竣工。洪武元年(1368)，朱元璋即皇帝位，自南台旧内迁入新宫。同年三月，明军占领汴梁（今河南开封），改汴梁为开封府。八月，诏以应天府为南京，开封府为北京。二年九月，朱元璋又以故乡临濠（今安徽凤阳）为中都，建造一如京师之制。中都的设置受到大臣的反对,加上役银劳费,遂于八年四月罢中都役作。后开封罢称北京，南京改称京师，正式成为首都。明成祖朱棣夺取帝位后，永乐十九年(1421)正式改京师为南京，以北京为京师。

京都南京南京城的修建历时达二十一年，洪武十九年始告完工。由于地形条件的限制和防卫的需要，南京城平面呈南北长、东西窄的不规则形。城周号称九十六里，实测约六十七里。城垣高度一般为十四至二十一米，基宽十四米，顶宽四至九米，以石为基，上砌特制的大砖，垛口一万三千六百一十六个。开有十三个城门，以聚宝门最为宏伟，城墙内有藏兵洞二十三个，可供三千士兵驻守，二十二年又在都城外围建外郭城，号称长一百八十里，实际为一百二十里，大部依天然地形以土垒成，约四十里以砖砌成，开十八门。外郭城墙已于早年被毁，都城城墙则保留至1949年以后。皇城位于城东，平面呈方形。内有宫城，即紫禁城。皇城以南北中轴线为主干,自洪武门至承天门筑有大街,东侧为礼、户、吏、兵、工五部，西侧为五军都督府。宫城内依中轴线建奉天、华盖、谨身三殿和乾清、坤宁二宫，是皇帝举行大典、处理朝政及居住的场所。

城中心建有钟楼、鼓楼。在鸡笼山和聚宝山分别设有观象台。鼓楼东南的国子监是当时全国最高学府，最盛时有贡生九千人，并有日本、高丽、琉球、暹罗等国留学生。迁都后称“南监”，也有贡生四五千人。玄武湖是存放明代全部黄册（见黄册制度）之处，湖心岛上建有库房，防守严密。

由于水陆交通便利，腹地广阔，周围地区经济发达，南京的商业和手工业相当繁荣。商业区主要在秦淮河两岸，经营粮食、竹木、薪炭、六畜、桐油、苎麻、茶叶、纸张等以及各种消费品，商贾云集，百货充盈。手工业以丝织、印刷、造船著称。织造业除官营外，还有大量民间机户和机匠，产品繁多，行销全国，并有颜料、印染等配套行业。秦淮河入长江口建有龙江宝船所，可以制造用于航海的大船，郑和航海即以此为基地（见郑和下西洋）。不少外国使臣、商人到南京出使或贸易，□尼国王那惹加在访问南京时病逝，即葬于此地，陵墓至今尚存。

永乐迁都后，南京成为“留都”，仍设有六部、都察院等中央政府机构，但大多是安置年老、失宠、贬斥官僚的闲职，并无实权。崇桢十七年(1644)，清兵入北京，福王朱由崧在南京即位。次年，清军攻占南京，改应天府为江宁府，南直隶为江南布政使司，取消南京称号，但民间一直沿称未改。

北京开封和中都凤阳开封于洪武元年定为北京，由于宋金的城墙已在元初拆毁，因而重筑内外城墙。内城依宋金内城故址，仅向西移过里许,砖砌,开五门，四周环以城壕。外城仅以土筑。由于漕运困难及周围地区民生凋敝，洪武十一年罢称北京，仍为开封府。

中都凤阳建于洪武二年。所在地原为濠州，吴元年升为临濠府,洪武六年改称中立府,七年又改凤阳府。中都旧城完全按规划新建。平面呈长方形，城周六十一里，开九门、十八水关。城内有禁苑、皇城两道城墙。皇城建筑全仿南京，但规模更宏大，并同样建有中央政府机构的衙署。八年四月罢中都役作，但部分工程仍继续进行，多数已建成，后因长期闲置，宫殿、衙署陆续拆除或倾颓，又经多次战火，建筑已全部被毁，仅剩遗址。

京都北京洪武元年，明军攻下元大都，改其名为北平府。三年，以四子朱棣为燕王，镇守北平。由于城北部已大部空旷，九年，在原北墙之南五里处另筑城墙。十七年又将原南墙南移二里。朱棣夺取帝位后，由于北元仍对明朝构成威胁,遂于永乐元年改北平为顺天府,建为北京，并积极筹备迁都。四年，开始营建北京，十八年基本建成，次年正式迁都于此。

明京都平面呈“凸”字形，面积约二十五点四平方公里。内城九门，外城七门。宫城在内城中央，又名紫禁城，基本沿用元大内旧址，四周有护城河，即筒子河。宫城以午门──玄武门为中轴线,依次排列着前三殿:奉天殿（后改皇极殿）、华盖殿（后改中极殿）、谨身殿（后改建极殿）;后三殿：乾清宫、交泰殿、坤宁宫;前者主要用于举行大典和重要朝会，后者是皇帝处理日常政务和生活的场所。次要建筑配置在两侧,严格对称。宫城后以人工堆成万岁山（今景山）,意在镇压前朝的“风水”,故又名镇山。宫城前方左为太庙,右为社稷坛，宫城外筑皇城，皇城的正门承天门向南至大明门是一条宽阔的大道，东侧设礼、户、吏、兵、工五部等中央机构，西侧设五军都督府等衙署。大明门向南至大城的正阳门之间是商业中心，颇为繁华。还在南郊建筑了规模巨大的天坛和山川坛（后改名先农坛），又在东、西、北郊建日坛、月坛和地坛。皇城原是土墙，后逐步用砖包砌。嘉靖三十二年(1553)，为加强北京防卫，筑了包围南郊的外罗城，即所谓北京外城。七门名称也沿用至今。原计划四面均筑外罗城，因财力不济，仅南面筑成。

自洪武初至永乐中，先后从山西、山东等地向北京及其周围地区移民数十万，并徙南方富民充实京师，因而北京地区的人口大增,耕地扩大,农业有所发展。营建宫室过程中从全国征调的大批工匠后多附籍大兴、宛平二县，又使北京的手工业得到全面发展。为适应北京的政治中心和文化中心的需要，各种奢侈品、工艺品、文化用品的制造和输入也大量增加。但是北京地区的粮食不能自给，加上统治者的巨额消耗和军事需要，每年都需由南方输入大批粮食，困难很大。同时，由于北京处于明朝版图的北部，距离塞外蒙古统治区和后期勃兴的后金（清）政权很近。在军事力量衰退、政治腐败的情况下，长期受到北方入侵的威胁，明中期和后期更多次出现蒙古军、后金军兵临城下的局面。

崇桢十七年(1644)三月，李自成农民起义军攻入北京,四月二十撤出,五月清军入北京。九月，清世祖福临自沈阳迁都北京。清朝沿袭明朝的都城、宫殿建制，只作了局部的整修改建，增建的也很少，多数建筑连名称也未改。