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就是在全国军事系统党的高干会议时，1953年12月，陈毅的人生旅途发生了重大的变化——10多年来一直在明里暗里“整”陈毅，破坏他和华东同志、中央同志关系的饶漱石，其野心家、阴谋家、伪君子的真面目终于被揭露了。陈毅与中共中央主要领导人之间的人为障碍排除了。
陈毅到达北京的第四天，就被毛泽东找到西郊玉泉山新建的别墅去谈话。
陈毅与毛泽东的来往，相对来说是比较随便的。陈毅常向熟人谈起1949年中华人民共和国成立前夕的一件事。那次他到北京参加全国新政治协商会议，当晚去看望毛泽东。毛泽东见面就说：“对不起啊，我没来接你。”陈毅很感意外，他从来没有过要毛泽东亲自去接他的念头，便问“怎会有这么个问题呀？”
毛泽东说明，他亲自到火车站去迎接过宋庆龄、张澜、李济琚程潜，没有顾得上去接党内的一些老同志。
陈毅哈哈大笑。毛泽东也笑了。
不过这次玉泉山谈话，一向直爽的陈毅却没有一开始就说真话。因为毛泽东在询问了华东执行总路线的情况，谈了农业互助合作运动和国家领导体制以后，忽然向陈毅问起他所了解的饶漱石的情况来。饶漱石长期与陈毅对立，近年来陈毅更发现他的许多问题；但是此人当时已调来中共中央组织部任部长，他和中央主要负责人之间当前的关系如何陈毅全不知情。延安时毛泽东为维护团结制止他谈饶漱石的情景犹在眼前，因而陈毅觉得不宜直捅出来，便按在一般情况下尽量说同级干部优点的习惯，说了几句。却见毛泽东表情淡漠。陈毅告辞出来，遇到中央机关的一位主要负责人。陈毅因为心有疑问，便对他说起此事。那位负责人说：“主席问你，是为了听你说真实情况！”陈毅深有触动，当即回到毛泽东房里，向他说明自己的思想过程。据陈毅的《流水日记》载，他把自己所接触所怀疑的饶漱石的言行和盘托出。
从后来陈毅在华东局扩大会上揭发的许多事实来看，最使陈毅反感的是饶漱石近年来常在陈毅耳边说刘少奇的坏话，说他自己很早就拥护毛主席。
他看到刘少奇不行了，就想表明他不是刘少奇培养的。陈毅当然清楚，刘少奇离开新四军回中央，由饶漱石接替刘少奇代理了华中局书记、新四军政治委员，使他从此掌了华东大权。现在他竟把矛头对准刘少奇，实在使陈毅寒心！
陈毅倾吐真情以后，毛泽东点头欣赏，并把已经掌握了的高岗、饶漱石阴谋活动的情况告诉了陈毅。高、饶先后在中央财经会议和组织会议上发难，攻击刘少奇、周恩来，分裂中央，直至通过私下活动要由高岗任中共中央的总书记或副主席，并改换总理人眩几天后的一个晚上，毛泽东又找陈毅去谈话。这次专谈高、饶问题。其中主要的是华东军政委员会主席的任命问题。1949年10月，各大区都由大军区的司令员担任大区军政委员会主席，毛泽东两次说华东军政委员会主席由陈毅担任，陈毅觉得自己是大军区司令员又是上海市市长，够忙了，推辞说让饶漱石当。毛主席吩咐让华东局同志们讨论，饶漱石得知此事后对陈毅说，你不担任我担任。根本没有提到华东局会议上讨论，就用华东局名义报中央以他为军政委员会主席。饶漱石到北京，毛主席问起此事，饶漱石撒谎说：华东局几个同志都不同意陈毅担任，只好由我来担任。这样才骗取毛主席的批准。他又是华东局书记，又是军政委员会主席，就显得比所有的大区司令员、政治委员高一头了。
毛泽东风趣而深刻地告诫陈毅：“不要伤风”，不要失去灵敏的嗅觉，要警惕非法活动。毛泽东还说：“你推让，是不对的。谦逊并非在任何情况下都是好的。野心家就不让。让给他就使党受损失。”
后来，陈毅又和彭德怀、刘伯承、贺龙、叶剑英等一起，应召到毛泽东处专门讨论高、饶问题；并列席1月12日的中央政治局会议，讨论通过了《增强党内团结的决定》。
毛泽东把对高、饶的斗争布置妥当，便出京休养去了。2月6日，中共七届四中全会开幕，刘少奇受中央和毛泽东主席委托向全会作了政治报告。
陈毅也经过认真准备作了题为《为增强党的团结和巩固与提高党中央的威信而斗争》的发言。他谈了对围绕高饶事件展开的这场党内斗争的认识，提出不仅仅处分几个人，而要达到弄清思想的目的。同时，也坦诚磊落地作了自我解剖。
刘少奇亲自到陈毅住处，诚挚地向陈毅道歉：过去我看错了人，信任了饶漱石，使你受委屈了。这使陈毅十分感动和振奋。据宋时轮、张爱萍等回忆，陈毅当时在同华东将领一起用餐时报告了这个动人的消息。
中央书记处分别召开了高岗、饶漱石问题的座谈会。饶漱石问题的座谈会由邓小平、陈毅、谭震林主持。66位中央及大区的领导人发了言。
3月4日，陈毅又与周恩来一起，在中南海怀仁堂，向2000余高级、中级干部传达了七届四中全会的精神。
饶漱石整陈毅，是借陈毅在红四军时两次接替毛泽东为前委书记的历史事实作为口实的。陈毅在揭发饶漱石时，联系到红军、新四军、华东野战军以及华东军政委员会时期的实际，揭露饶漱石一贯来造谣作假、挑拨离间、玩弄阴谋诡计的种种事实；同时，也诚恳地作自我批评。陈毅的报告长达7小时，生动坦白，留给大家深刻的印象。
至此，压抑、纠缠陈毅10多年的公案大白于全党了。
1954年3月14日，毛泽东南巡中将路过太湖之滨的无锡。当时，陈毅正在济南出席山东分局的会议，闻讯即赶赴无锡迎候。当日，把毛泽东迎至太湖疗养院。次日，毛泽东即邀陈毅去谈话。此次谈话，气氛格外融和。他们聊到阶级斗争，生产关系与生产力，假象与本质等等。据陈毅日记载，有一句话特别触动陈毅，这是毛泽东说的：“伸手岂止高饶”。毛泽东说，只是目前不必如此提出，以免有扩大化的嫌疑。
陈毅自己是不向党不向人民“伸手”的。他调动工作，从不带自己的“亲信”；党分配他工作，他从不讨价还价；华东军政委员会主席，他还推辞，结果被饶漱石“伸手”抢了去。但是陈毅仍然觉得应该警惕，特别是自己现在出头翻身的时候。从毛泽东的这句话看来，党内斗争的风浪，今后还将大有起伏呢！
因而，陈毅在“仲春”和张茜回到南京故居“旧筑”的时候，其心情既感奋又审慎。他写了4首“感事书怀”的诗，其中到处可见自我反省自我约束的句子：“慎之又再慎，谦逊以自束。后车善择途，前车一再覆。”“心情承见问，春来冬尽，克奏肤功。向大泽深山，擒伏蛇龙。回溯廿年纠葛，知早有伏迹藏踪。须牢记，无情历史，利己必凶终。”“幸得长期培育，每愧过失多。晚节自珍惜，日月走如梭。”特别是第4首七古，标题直接就是《手莫伸》，其辞句涵义更为显豁，可说完全是对毛泽东“伸手岂止高饶”的回答和信誓，其政治态度十分明朗。
在这时期，陈毅还做了一件大有利于坚持正确政治方向的事。解放军全军在学习苏军经验时，有些人认为不必再强调中国共产党对军队的绝对领导，可以取消政治委员，实行单一首长制。在强调正规化时，表现出削弱军队政治工作的倾向。于是，1953年12月召开的军事系统高干会议上展开了讨论，会后，中共中央决定修改中国人民解放军政治工作条例，以加强党的领导和政治工作。毛泽东指定由陈毅、谭政与罗荣桓一道主持修改工作。陈毅从1927年开始就是工农革命军的政治工作建设者之一，参加过古田会议决议的制订，对这些问题体会至深。当时，在东交民巷开会讨论，陈毅作了内容丰富的讲话，特别是对党委统一领导下的首长分工负责制的由来和发展，讲得尤为深透。后由姜恩毅等先起草了“总则”。“总则”由陈毅、谭政审定，由罗荣桓上送毛泽东主席。毛主席交给陈伯达修改，陈伯达却出了错，把“中国共产党在中国人民解放军中的政治工作是我军的生命线”给划掉了。
毛主席又亲笔改了回来。在陈、罗、谭主持下，《中国人民解放军政治工作条例（草案）》的修改很快完成。1954年4月15日经中共中央和中央军委批准，正式颁布实行。
4月1日，华东局扩大会议开幕。谭震林主持会议，首先由陈毅传达四中全会的精神。陈毅的发言一上来就很有特色：首先传达的真是四中全会的“精神”。他密切联系阶级斗争和思想改造的实际来讲党内斗争的规律，以便同志们正确地深刻地理解四中全会的内容。
陈毅发言的第一个题目就是“要运用阶级斗争一定会反映和影响到党内的原理来学习与传达四中全会的内容。”他说：“按照事物相互斗争、相互渗透、相互转化为其对立物的原理，我们可以从资产阶级队伍中分化出一部分人来，同样的，资产阶级也可以从我们队伍中分化出一些人来作为他们的代理人。”
在这个题目之下，他联系思想认识回答了一系列的问题：“历史久、功劳大，为什么会反党？”“与帝国主义、资产阶级有无组织联系？是不是他们派进来的？”“斗争是不是过火？”“高、饶都集中反对中央某几个领导人，这些领导同志是否也有缺点？”“高、饶问题是一种社会现象的反映，他们是代表一部分人的，因此他们的反党思想是有其一定的市场和基础的。”
“联系本身进行检讨，要有分析，要正确掌握界限，”“‘知人不易、知己亦难’，不要迷信别人，也不要迷信自己。”对这些问题，陈毅都作了辩证的、实事求是的分析，并指出主导的方面。陈毅发言的第二个内容是“根据四中全会精神，来谈一谈我自己的问题”。而后，4月10日、11日，他才作对高、饶反党联盟揭发批判的长篇报告。这样的传达报告，给大家的启发就更大了。
4月26日，毛泽东在中南海颐年堂召开的会议上谈到三反、五反、高饶联盟，从马克思主义理论的高度来分析了这些运动和事件，指出都属于社会主义改造过程中阶级力量的重新组合和改造；新旧社会制度交替，必有一部分人拥护旧制度，反对新制度。毛泽东这次又在较大的范围内提出“伸手岂止高饶”。这些谈话对陈毅的触动颇大，引起他的思考：自己在七届四中全会上的发言，在华东局扩大会议上的发言，与毛泽东的讲话对照起来，就显得肤浅，不敢说已从理论上说明了问题。
毛泽东深谋远虑、精细过人，对于他要任甩的人尤其注意。他不但看了陈毅在中央全会上的发言，而且认真地阅读了陈毅在华东局扩大会议上的发言。
在6月8日夜颐年堂的中央会议上，毛泽东当着众多的党中央委员和政治局委员说到陈毅的发言和报告，大加赞许。他说华东局扩大会陈毅的发言，已能概括，有点理论了，只是其中有一点尚须与他谈一谈。又说四中全会的陈毅发言他也看了，认为很好。
陈毅有志于学习和运用革命理论，为时久矣。早在留法勤工俭学时期便已开始接触和研究马克思主义的基本原理。20多岁在北京的时候便已开始在报上与资产阶级文艺思想论战。三年游击战争那么艰险的环境，他还在研读列宁的书《社会民主党在民主革命中的两个策略》，因而在民主革命的领导权问题上有充分的自觉。
1929年他代表中共中央起草的给红四军前委的指示信，更是自觉地探讨中国革命的理论问题。他在华东局扩大会上的发言中说自己“对理论有兴趣，也可作些理论研究工作，但钻得不深。”现在听了毛泽东的评价，更觉于心不安，在日记上写道：“入党31年矣，进步仅此，有何可以自负之处。”
6月22日，毛泽东邀请陈毅到玉泉山别墅，共进晚餐，谈论工作。毛泽东谈到山东、福建问题，反党阴谋案件问题，同意陈毅在山东检查工作的方针。这一次谈话气氛亲切，话题广泛，《聊斋志异》中《席方平》、《公孙大娘》的妙处也谈到了。行前毛泽东说了两句具有总结意义的谚语：“路遥知马力，事久见人心。”在高饶联盟彻底查清后向陈毅说这两句话，含义当然是深长的。陈毅说他近日内要回华东。毛泽东约他离京前再谈谈。
6月26日中午，毛泽东电邀陈毅同他一起去玉泉山别墅。刚刚落坐，毛泽东便兴致很好地拿出4月1日陈毅在华东局扩大会上发言的记录稿来，称赞此文言之有据，概括正确，有理论味，同时也指点几处欠妥贴之处。毛泽东说全文赞成，只提个别意见，希望今后多搞理论工作。
陈毅当即表示接受毛泽东的修改建议，并说学理论多年有志于此，当勉力去做。陈毅琢磨着毛泽东的话，试探着要求最好派他去马列学院工作。
毛泽东显然早已胸有成竹，直截了当地说：“不，不要去搞学院工作，希望今冬与震林同来中央工作。”
6月27日，陈毅离京南下，心情很是激动。整整24年了。1930年，古田会议后不久，陈毅便离开毛泽东、朱德领导的红四军，此后一直在“下面”，在省区、在大区工作。如今要到中央，要回到毛泽东身边工作了。陈毅眼前展开一片广阔的前景。
早在1952年夏，中共中央为加强统一集中领导，就决定逐步缩小各大行政区，并集中一部分负责干部到中央工作。当时陈毅在给毛主席的信中表示完全拥护中央这一决定，并提出：“我想仍留南京做部队工作并就近协助华东和上海。在将来必要时调我到北京工作我亦愿意。”
现在这样的时机成熟了。中共中央已经有了内定。1954年9月3日，陈毅作为上海市选出的人民代表到北京出席了第一届全国人民代表大会。9月27日，人代大会隆重选出了国家主席，产生了国务院总理。陈毅被任命为国务院副总理、国防委员会副主席。又根据中央政治局的决定，任中共中央军事委员会委员。
9月29日，由周恩来总理主持国务院常务委员会，研究总理和几位副总理的分工，会上作出决议，陈毅为国务院常务副总理。（华东局于10月19日致电中央，建议仍由陈毅兼任上海市长。中央10月28日复电同意。）陈毅后来在1958年4月17日全国外事工作会议上说：“我调到中央就是准备做外交工作的。”但是，外交战线和外事口任务繁重，情况复杂，不是一下子能担起来的。于是陈毅一面“见习”外交工作：出访外国、出席国际会议、接待外宾、参加外交部党组会议??一面就担当起常务副总理的责任。在10月31日的国务院常委会上，还确定兼管科学院、政法、文化，也参加国防。常务副总理以“常务”为专业，协助周恩来总理处理国务院的日常公务，已经够忙了，还要分工兼管几个专务，真是百事丛集。后来又兼管国务院“八办”的工作，还得和资本主义工商业家打交道，抓公私合营的复杂工作。
好在陈毅斗志旺盛，精力充沛，头脑灵活，所以即使是对他不大熟悉的工作，也能及时地作出正确的处理。
1954年10月28日他访问东德回来，一方面亲自参加撰写整理《关于德国问题的材料》、《出国见闻》等出国考察报告；一方面就投入国务院的工作。其中突出的一件事就是第三次全国民政会议于11月22日在北京召开。
此时，刘少奇、周恩来等党和国家领导人联袂去广州休假，陈毅是国务院分管政法的，内务部长当然在会前要把准备好的会议文件送给他审阅，这就使他遇上麻烦了。
内务部负责人汇报：这次会议以讨论政权建设为中心。主要是第一届全国人民代表大会通过公布了宪法后，如何贯彻地方各级人民代表大会和地方各级人民委员会组织法，有待在会上统一认识。因为虽然有了地方各级人民代表大会，有了地方各级人民委员会，有了这样的权力机关，执行机关，许多地方的党委和政府常常不注意发挥其民主议政和执政的作用，甚至会议也不按时召开；重要工作，常由党委（或政府）召开三级干部会或一揽子会去布置、讨论和贯彻。有些地方的人民代表大会和人民委员会就起不了多大的作用。还有，农业生产合作社纷纷建立以后，和乡政权的关系弄不清楚，对乡政权运用不够好。有的人误认为“互助合作发展了，乡政权就失去作用”；甚至发生过农业生产合作社侵占乡政府的房子，取下乡政府的牌子，把乡政府房子改为托儿所等情况。民政部门的任务，过去常偏重于优抚、救灾和社会救济的工作，对于事关人民民主的政权建设倒不够重视。
所以，这次会议，内务部提出的《1954年民政工作总结和1955年工作任务》的主要文件和闭幕词稿子中，都强调了“民主建政”，以抓政权建设为民政部门的主要任务。①内务部负责人说明，中共中央的政法领导小组也是这样指示的。
陈毅一贯重视民主，1929年他在《关于朱毛红军的党务概况报告》中写到“群众割据”，就写下了“群众??自行管理区域的大小事件”，而反对群众“成了红军的老百姓”。对于政府工作、群众工作中采用军队的一套工作方式，他也是有感受的。内务部提出来的问题又确是存在的，因而，陈毅没有发现什么问题，同意了会议的方针和文件。遗憾的是中央主要负责人都不在京，无法请示报告。会议开到两周的时候，内务部作了会议情况报告。
陈毅对会议情况表示认可。但过后一想，对于“民主建政”的提法和会上争论的一些问题发生了怀疑。因为中央从来说巩固人民民主专政，没有提出过“民主建政”。而且按内务部文件的倾向，民主建政就该民政部门来管，民政部门主要的工作就是搞政权建设了，政府的一个部门来管政权建设这样的大事，妥当吗？
陈毅觉察到有问题，立刻向董必武、彭真等“老政法”请教，得到的回答是在全国第一、第二次民政会议上这些问题就有争论。据说有的干部还主张内务部有权召集省主席、县长会议，要管县长的委派等等。陈毅越加感到问题不简单。
问题提出来了。要解决却颇费思量。内务部长期管民政工作，再加有党的政法领导小组的指导，自己刚刚走马上任，就能比别人高明？会期过半，临时改变会议指导方针和议程必然造成思想混乱，又怎么解决？特别是怎样才是正确的指导思想，一定要明确解决。陈毅出席会议，和与会代表们交换意见，心里渐渐地有点数了。
这时正好毛泽东、周恩来休假结束，回到北京。陈毅在12月17日向周恩来汇报了这次民政会议的情况和自己的想法，得到了明确的支持。周恩来指示：“民主建政”的口号是不正确的，内务部应主要管优抚救济工作。要把问题摆开，彻底搞清楚。
陈毅又向毛泽东汇报，毛泽东说得更透彻了。毛泽东说：宪法公布以后，内务部还想要管建政；救灾、优抚那么重要的工作不去管，很不好，这个问题要讲清楚。“民主建政”是资产阶级的口号。政府是权力机关（按：指人民代表大会）的儿子，它凭什么去建政呢？中央有些部门搞了好几年，究竟该管些什么事他自己也不清楚，糊里糊涂的。现在你搞这个工作，我要告诉你这一点。
毛泽东的批评很尖锐。陈毅在1955年3月3日国务院第6次会议上回忆这段对话时说：“这个指示首先对我是当头一棒：我到国务院来是副总理，我也要考虑到底干什么。我听了这个指示也搞得很紧张，对我有很大启示。”
无情的现实是：第三次全国民政会议已告结束，各地代表要打道回府了。
一个大胆的、没有先例的决定作出了：代表们暂不离京，会议重开。
陈毅立即召集部长、副部长以及其他有关的领导干部们做工作，开座谈会。根据毛主席、周总理的指示反复作了说明。接着又分别召集各地代表连续开小型座谈会。一连几天，内务部和各地代表们围绕民政部门的任务反复讨论，开展了批评和自我批评，澄清了混乱思想，重新商定了1955年的工作①陈毅：《在第三次全国民政会议上的发言》，1954年12月26日。
方针。
1954年12月26日，陈毅在第三次全国民政工作会议上发言，对这一场争论作了总结。
最重要的问题是政权建设是谁的事。陈毅在发言中说：“大家要知道政权建设工作从根本上说，这是全国人民在党中央和各级党委领导下来进行的事，是全国人民代表大会和地方各级人民代表大会的事，是中央人民政府和地方各级人民政府的事；这样的事决非民政系统所能包办得了的，而且根本就不应该由它来领导办理。”民政部门在政权建设方面是要做工作的，那只是在党委和政府领导下了解情况，研究问题，提出建议；而应把优抚、救灾、社会救济等事关亿万人民利益的工作作为自己的主要任务。
陈毅还从理论上对“民主建政”的口号进行批判，资产阶级的政权理论只提民主，不提专政，是为了用“民主”来掩盖其资产阶级专政的实质；我们是无产阶级和人民大众对少数反动分子的专政，是正义的，是人民民主专政。“因此我们主张取消‘民主建政’的错误口号，回到‘巩固人民民主专政’的正确口号。”
陈毅十分注意辩证法，两点论。他在透彻批判的同时，也充分肯定1954年民政系统很大的成绩；也指出有些地方对按期召开人民代表大会和人民委员会，运用政权去领导各项建设，认识不足，做得不好，甚至不按照法律规定办事，轻视召开人民代表大会和人民委员会的作用，是应该批评和加以提醒的。民政部门在这些方面提出建议，促请党委和政府注意，是应该的。
显然，这样的解决，符合中共中央当时的大政方针，符合毛泽东主席的想法，也符合公布不久的宪法的规定。
陈毅在紧张地主持着民政会议转轨的同时，他还得分出许多时间来参加在北京召开的两个全国性会议的掌握和筹备。这两个会都是要“吵架”的会议。一个是1954年12月5日到1955年1月8日的全国扩展公私合营工业计划会议，另一个是1954年12月30日到1955年1月5日的私营工商业问题座谈会。这两次会都涉及中国革命和建设所特有的朋友——民族资本家们。
本来，国务院分工不该陈毅来管，可是中央指定他召集。
这显然是因为他从1949年5月以来一直在上海这个资产阶级最密集的城市，一直在与资产阶级交朋友、作斗争的第一线，积累了丰富的经验。这显然也是中央对他在上海创造性地执行私营工商业改造政策和统一战线政策的成就的充分肯定。的确，比起处理“民主建政”来，陈毅在私营工商业问题上有把握得多了。
不过，这毕竟不是上海一个局部，而是全国的私营工商业社会主义改造，全国资本主义的利用、限制、改造的大问题。
全国扩展公私合营工业计划会议当然是为了讨论怎样扩展公私合营工业的，就是说1955年要把多少私营工厂变成公私合营工厂，1956、1957年又怎么样，怎么组织领导？可是会议开始后，各地代表，特别是上海、天津、沈阳等地的代表反映一大堆问题。最集中突出的反映是现存的私营工厂生产发生严重困难，一些主管工业和原材料的部门有只管国营，不管私营，只管企业合营，不管生产安排的倾向，定货任务不给私营厂，象第一机械工业部60万部水泵的生产任务全分配给了国营厂，私营厂一部也捞不到。私营厂接不到定货，搞不到原材料，就要停产，发不出工资，有些工人就向党委请愿。
还有就是改造资本主义企业和资产阶级分子工作中的急躁、简单态度。
本来改造应是逐步进行的，有的干部却抛开“逐步”，而想“一步”完成改造；有的企业一搞公私合营，马上搞一长制，把私方搁在一边；有的只愿意接收资本家的企业，不愿意安排教育资本家的人。资本家说怪话：“干部昼夜忙，资本家晒太阳。”“公方是直达快车，私方是虚设一站。”“房子越住越小，汽车越坐越大。”
还有就是搞公私合营工作的、到合营厂当公方代表的干部中，有不少入学习不够，质量不高，并且不安心工作，说是“到156项建设单位工作的是优秀干部，搞公私合营工作的是‘生锈’干部。”许多地方并且没有专管公私合营工厂和干部的部门。
这种种情况，特别是生产没有统一安排、公私未能兼顾的情况，如不迅速切实地解决，公私合营的工作难以扩展，计划当然难以制定。
陈毅当然很理解这些情况，而且敢于向中共中央如实反映这情况，他是不怕按中共中央的路线政策去关心和照顾资本主义工业和资产阶级分子的。
陈毅很快在一次政治局会议上提出问题：陈云听后便约“八办”的干部去谈；因为这些问题牵涉面太大，陈云又约陈毅及“八办”许涤新等一起向周恩来详细汇报。
问题展开了，得到毛泽东、周恩来的关心，陈毅指出了几个倾向，特别认为“目前批评一下不统一安排是十分必要的。”周恩来完全同意陈毅意见，并指出：我们的主要缺点，是在处理私营工商业及资产阶级的问题时，既不研究情况，又不同人家协商，也不估计后果，就片面处理。
毛泽东指示说：公私合营就是去解决矛盾的，把私方利益纳入公方之中。
私营工业有很大的积极性和消极性，把它和公方拉在一起，加以调整，发挥它最大限度的积极作用，消除它最大限度的破坏性，达到解决矛盾。很明显这个工作乃是总路线的很重要的部分。在工业中，原料和定单（生产任务）分配不公，给私营太少，是不对的。私营有困难要照顾他们，要统筹兼顾，要调整公私关系。
陈毅在1955年1月7日传达了这些指示。
毛泽东还指示陈毅召集资本家开座谈会。
陈毅更把会议中出现的各种问题及时向直接领导这次会议的陈云报告。
陈云在12月31日于中南海怀仁堂向会议作了《解决私营工业生产中的困难》的报告，对会议的顺利进展起了很大作用。
1955年1月7日，陈毅代表中共中央给会议作了总结报告。总结报告强调了统一安排，统筹兼顾，还强调了既抓合营工业的企业改造，又抓资产阶级分子的教育改造。总结报告贯彻了毛泽东、周恩来的指示，吸收了大家讨论的成果，对一系列问题作了正确的回答，并确定了1955年的扩展合营计划和1955年到1957年的扩展合营计划。
根据毛泽东、周恩来的指示，陈毅邀请全国政协的工商界委员63人，和各有关部门负责人及出席扩展合营工业计划会议的代表一起举行“私营工商业问题座谈会”。会议在一周内开了4次。开始，有些工商界委员“摸不清行市”，抱定“哑巴进庙，光叩头，不开口”的态度。陈毅在会议上鼓励启发，在会外通过工商联、民主建国会进行酝酿，陈毅自己并与黄炎培、陈叔通、李烛尘等工商界上层代表人物交谈。结果“发言者由迟疑而踊跃，最后两次会议上则大有争先恐后之势。”最后由陈云作了有关调整工商业公私关系方针政策的报告，还说国营厂要“吐”出一部分任务来照顾私营厂；由曾山、吴波、许涤新等回答问题；陈毅也多次发言，并在会上向党内干部指出一定要重视协商。这样，工商界代表普遍情绪高涨，对共产党更加信任，而且提出资方也要作自我批评，说“收获超过想象”。
1955年3月14日，陈毅向中共中央呈送了《关于全国扩展公私合营工业计划会议的报告》和《关于召开私营工商业问题座谈会的报告》。中共中央在3月17日将这两个报告批转全国，“即希认真研究组织贯彻”。中共中央对于报告中所强调的“努力做好改造资本主义工业和资产阶级分子的双重改造”给予特别重视，指示：“目前的情况是重视对企业改造而忽视对资产阶级分子的改造，这是必须纠正的，两者应同时抓紧才好。”陈毅在召开私营工商业问题座谈会的报告中写道：“组织工商界代表人物就有关问题进行讨论，反映他们的意见和要求，并同他们进行充分协商，就是将阶级斗争引向公开、合法的斗争。只有积极地领寻和掌握这种公开、合法的斗争并适当处理他们的合理要求，批判他们的不合理要求，才有利?谥浦购投氯髦忠巍⒎欠ǖ亩氛⒖朔嵌陨缁嶂饕甯脑斓姆纯褂肫苹怠！闭庖痪榈娜〉梦抟啥匀缁嶂饕甯脑旌徒准豆叵荡碛兄匾庖濉Ｖ泄仓醒朐谂局兴担骸罢馐且桓稣吩擞谜庖煌骋徽较咦橹创砉诮准豆叵档姆独！?
1955年3、4月陈毅主要的任务是外事，陪同周恩来总理出席万隆亚非会议，这在下一章《外交风云》中将系统地叙述。但这里先提一件“内事”：筹备出国时，周恩来突发急性阑尾炎，住进北京医院，政治局即在北京医院开紧急会议，批准进行手术。3月15日晨，邓小平通知：因周恩来刚刚动了手术，决定他不出席中共中央将于3月21日召开的全国代表会议，如4月中旬不能出席亚非会议，拟由陈毅率团出席。陈毅痛感“中枢负责人健康关系甚大，替人最难，并急切难于接手”。陈毅为此极其认真地作了一番准备，为他后来在万隆做周恩来的主要助手打好了基矗从印度尼西亚回来以后，5月10日，周恩来召集陈云、习仲勋和陈毅3位副总理再次研究分工问题，确定陈毅分管国务院第一、第二办公室、民族事务和科学卫生工作。
对于科学，陈毅是深知其重要性的。他十五、六岁的时候，曾经是“科学救国”的信奉者。后来接受了革命理论，知道了救国须主要靠革命，但要使祖国富强，科学还是极重要的工作。尤其是人民共和国建立以后，科学的作用更加伟大。陈毅曾大声疾呼：“我们过去要有一支军队，现在搞建设需要科学研究。”
一到国务院，他就分管科学院和科学技术。在军内，他也受命兼管国防科学技术。1955年9月27日，他被授予中华人民共和国元帅军衔。陈毅元帅当时要关心的正是用现代化的科学技术改进人民解放军的装备和战术技术。1955年国庆节，陈毅和老帅们一起，穿上元帅礼服佩带一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章登上天安门城楼。陆海空军的方阵和百万群众的海洋使党政军领导人十分激动。毛泽东感叹：这一事实证明中国人民已完成组织起来的任务，今后的任务是如何把自己装备起来。陈毅大有同感。
他在当天的日记中写道：毛主席“此一概括，甚为正确，工业农业的发展，社会主义工业化，即解决装备之唯一途径。”
他对科学技术的关心正是为了“装备”中国人民和军队。他对原子能的研究和开发特别重视，积极着手从和平利用原子能，建造原子反应堆做起，从科研、选矿到基础设施的建设，都付出了大量心血，这为后来原子弹、氢弹的研究制造，为核反应堆、核电站的建设，都起到了奠基的作用。
1956年2月，陈毅就任全国科学规划委员会主任，李富春、郭沫若、薄一波、李四光为副主任。这是党内领导科学研究的最高机构，受到中共中央的特殊关怀，有事可以直接向毛泽东主席和周恩来总理请示报告。
科学规划委员会在这个阶段着手抓科研机构、科研队伍的建设和全国12年科学技术发展远景规划的编制工作。这部40万字的科学技术发展远景规划是个大工程。编制过程中，百家争鸣，气氛极为热烈。最后博采各家之长，集思广益，搞成了一个既具远见又比较切合实际的规划，成为指导科学研究工作的纲领性文献。由于党和国家对科技的重视，这时的科研机构由解放初期的40多个发展到380多个，研究人员已由那时的几百人增加到9000多人。
陈毅对科学的重视特别表现在他对科学工作人员的尊重。他多次深入科学院各部检查工作，登门拜访科学家。张劲夫被任命为科学院党委书记，来见陈毅，说自己未于过科学工作，不知该怎么办。陈毅告诉他：这很简单，你若是当部长，司长来看你。你当科学院的领导，就该你去看所长，看科学家。他自己，就是用这种当小学生、当勤务员的精神来团结改造知识分子，来为科学研究服务、撑腰，直到1962年他在广州会议上为“资产阶级知识分子”行“脱帽礼”。
1956年9月，在中共八届一中全会上，陈毅当选为中央政治局委员。这时，由陈毅来主管外交已进一步明确了。在10月28日召开的科学规划会议上，宣布了根据中共中央指示将科学工作交由聂荣臻主管的决定。
1955年7月31日，毛泽东在怀仁堂中共中央召集的盛市委和自治区党委书记会议上作了《关于农业合作化问题》的报告，掀起了中国农村的社会主义改造的高潮。一时间，“小脚女人”的形象比喻传遍大江南北、长城内外。
8月1日，继续在怀仁堂开会，邓子恢对农村工作作了自我批评。各地代表踊跃发言后，毛泽东作了结论，鼓励领导好农业合作化运动，要求全面规划，大胆发展。
1955年下半年到1956年春，农业合作化成为全党全国的主要工作。9月7日政治局开会讨论，同日毛泽东为中共中央起草党内指示信。9月11日，陈毅这位并不分工管农业的副总理也应召去毛泽东处开会，农业合作化是主要议题之一。10月4日至11日，中共七届六中全会主要讨论农业合作化问题，通过《关于农业合作化问题的决议》。毛泽东作了题为《农业合作化的一场辩论和当前的阶级斗争》的总结性发言。陈毅在会上的发言和中共中央、毛泽东的指导思想完全一致。11月24日，毛泽东在全国省市委工作会的闭幕会上的讲话，指出当前的问题是思想落后于实际。陈毅听了这个讲话很受鼓舞，“觉得社会主义的全面胜利己在掌握中一样”，在他的日记上表示“要把这股情绪变为实际行动，一步步把工作做好。”
陈毅这种积极热情的政治态度很为毛泽东所看重。所以当“农业十七条”征求了意见以后，需要大大充实、修改和审定修正稿的时候，毛泽东指定陈毅参加。
一般人只认为陈毅的“业务”是打仗、部队党政工作、统战工作、外交，很少把陈毅同农业、同农业生产关系的变革联系起来。陈毅是“洋”的不是“土”的。其实，知陈毅者，毛泽东也。毛泽东知道陈毅干过“土改”、在土地问题上有正确见解，由来已久。
陈毅留过洋，但也种过田。在湘南起义之前就在赣西南山区领导南昌起义余部帮助农民劳动，做群众工作，打土豪，恢复农会。1928年1月湘南起义后，他又在郴州一带领导农民插标分田。特别是1930年起，陈毅作为红二十二军军长、中共赣西南特区委书记，从事土地革命颇有经验。至今保存的毛泽东1930年11月8日所写《东塘调查》和1930年11月15日所写《分青和出租问题》中多处说到陈毅。《东塘调查》中有：“7月15日南路扩大会，陈毅提出8个纲领，如马上分田插禾，抽多补少”；“陈毅开了9天会，决定了详细的土地法”。《分青和出租问题》中写道：“1930年11月15日，江西省行动委员会在吉安开了一次扩大会，到会的人除省委常委外，有??各县的苏维埃主席及二十二军陈毅同志，我代表总前委参加这次会。这次会的特点是讨论了‘分青’和‘租田’两个问题。”
可以说，从1928年到1956年，陈毅在农业问题上的意见和做法历来都是和毛泽东一致的。陈毅在中共七届六中全会上发言，对毛泽东《关于农业合作化问题》的报告给予高度评价：“我认为其中具有特别重大意义的贡献，是理论上的贡献。”对陈毅的发言稿，毛泽东仔细阅看过，至今可以看到这份为毛泽东阅过的稿本上留有他亲笔的圈点竖杠。
毛泽东在12月21日亲自为中共中央起草了关于征询农业十七条意见的通知。意见汇集后，毛泽东先期到达杭州，并对附近农村情况进行调查。陈毅参加完上海市人代大会，于1955年的最后一天到达杭州。
陈毅一到杭州就看望毛泽东，谈了一个多小时，并共进除夕晚餐。元旦上午，陈毅听取中共浙江省委书记江华的汇报。下午，中共安徽省委书记曾希圣和中共江苏省委书记刘顺元到达，陈毅同他们交谈了两省的情况。晚上，同去毛泽东住处交谈。
1月2日起开始农业发展纲要的修改工作。
资料很多，这纲要的资料是根据1200个乡的调查，又从中选了120个乡深入了解，完全由毛泽东亲自组织，并有几个乡是毛泽东亲自去的，找社长或劳动模范谈了话，察看了棉田、稻田等等。
修改工作一直进行到1月5日上午，陈毅还与省委书记们继续研究了条文，完成了最后的准备。
1956年1月5日上午，在毛泽东主持下，全国各省委、市委和自治区党委书记会议开幕。会议对修改的条文进行审议，又提出了许多增删修改的意见。当夜，陈毅同廖鲁言等改定了这个《1956年到1967年全国农业发展纲要》（草案修正稿），当即付樱到1月9日会议结束时，农业发展纲要已形成为四十条的大文章，并正式作为草案准备提交中共中央政治局审议通过。
在回北京的途中，陈毅陪同毛泽东在上海、南京、天津等地作短暂停留，在南京参观了陵园星光农业合作社和尧化门农业合作社，在天津参观了王顶堤高级农业合作社。
1月17日，毛泽东召集政治局会议，讨论通过了全国农业发展纲要草案。
紧接着，毛泽东又邀陈毅到中南海游泳池商谈进一步修订和向党外征求意见的问题，并面托彭真、陈毅办理。
1月23日，中共中央政治局向5亿农民和有关战线提出《1956年到1967年全国农业发展纲要（草案修正稿）》。
1月26日，陈毅在中央机关于部大会上作了《关于全国农业发展纲要草案的报告》。
陈毅非常赞成毛泽东把农业发展纲要称为“农民宪法”，称为5万万农民实现社会主义的纲领。他曾多次向科学家和民主人士作报告，充满热情地介绍这部新中国第一部农民宪法。他的报告结合中国这个农业大国3000年的历史说明根本解决粮食问题和农村改造问题的极大必要性；结合中国革命进程论述了在广大农村社会主义战胜资本主义的伟大意义，他还说：我“个人发表一狂妄的言论：这是全世界范围内社会主义与资本主义决定胜负的一仗。我国这样大，温带气候，广大的劳动力，民族的优良传统，这样一个国家实现了社会主义，世界范围内社会主义的胜利是肯定的。”当然，陈毅不忘辩证法，他也专门指出：“有人认为愈快愈好。今天是初级合作社，明天就变为高级社，来个国营农潮。可惜这个警告并未能抑制装左”的浪潮。
陈毅从杭州回到北京以后，就忙于参加中共中央召开的知识分子会议和向党外征求对农业发展纲要四十条的意见等工作。可是他既然分工兼管民族事务，有一件大事又临头了：西藏自治区筹备委员会将于4月份在拉萨成立，民族事务委员会党组送来请示报告，建议组织中央代表团前去祝贺和访问。
陈毅在1956年1月21日将这报告转呈中共中央：此事请中央作一原则上的批示，以便开始筹备工作。
中共中央在1月24日就作了批复：一、所拟计划原则同意，并应即按此作好准备。二、拟请陈毅同志任团长，请陈毅同志提出代表团的具体名单。
三、各项具体工作由陈毅同志主持和指导。
在陈毅与汪锋、张经武等的酝酿计划下，这个代表团规格很高，声势浩大，足以显示伟大祖国对西藏的重视和关怀。2月7日中共中央同意陈毅与民族事务委员会的意见，正式发出《关于庆祝西藏自治区筹备委员会成立和去西藏进行访问组织中央代表团的几项问题的通知》。
按照通知的规定，一个考虑周到的中央代表团名单很快提出，并迅速得到批准，中央统战部、民族事务委员会、全国总工会、青年团中央、全国妇联、教育部、粮食部、佛教协会、总政治部等等都有负责干部参加；各民主党派的代表更是知名度很高的人物如朱蕴山、费孝通、黄琪翔等等。特别有意义的是代表团成员共由17个民族组成。随团工作的有翻译组、新闻记者组、电影摄制组、卫生组、电影放映队；还带了一个包括歌舞团、京剧团、杂技团在内的文艺工作队。代表团正式成员57人，加上工作人员、文艺队员和长途跋涉必不可少的司机（汽车300辆）、炊事员、警卫人员，总人数达800余人。
那时候飞机尚未通航，他们只能乘火车到兰州，然后换乘汽车到青海省西宁市，再从西宁经新近建成的青藏公路入藏。从兰州到西藏的拉萨、日喀则，全程2200公里，途中将经过日月山、小唐古拉山、唐古拉山，平均高度在海拔4500米以上，荒漠雪山、风砂雪蚕。所以代表团对人选的身体条件要求很严，心脏并肺气肿一律淘汰。陈毅是高血压，组织上特地让张茜同行。
自然条件的困难还是次要的，政治上的困难更使代表团，特别是团长，感到肩头负担的沉重。西藏民族长期处在与外界基本隔绝的状态。广大藏民群众以至僧俗官员对汉人的看法还是清朝政府、北洋军阀政府、国民党政府时期的印象：官府压迫，汉商剥削。西藏和平解放后全国的大批干部和解放军虽然留给他们较好的印象，但是也带去物价上涨。共产党不信教，共产党还要搞民主改革，分田、分地、分牛羊，喇嘛和贵族当然有人不会高兴。民族的、宗教的、阶级的矛盾都是客观存在。帝国主义和外国反动势力一直把西藏当作他们的殖民地或“附属国”，人民解放军和平进驻西藏是他们很大的挫折，他们当然还要挑拔离间、造谣生事，以至煽动叛乱。西藏和平解放以来，中央还没有派代表团到西藏去过，这次派这么大的一个高规格代表团去，必然会引起西藏的轰动和注视。所以，代表团的一言一行，都事关重大。
当然，此次去西藏也有好条件。达赖、班禅都到过北京，西藏的上层集团大多数人对中央的政策已有了进一步的了解；运粮入藏、降低物价进一步得到了群众的拥护；青藏、康藏公路的通车和贸易、生产的开展，给西藏的工作以相当巩固的物质基础；西藏封建上层有一部分人看到民主改革是大势所趋，开始考虑改革的问题，群众中要求改革的觉悟也在提高。
代表团团长陈毅连日思考和研究着此行的方针和任务。
这时西藏参观团正在北京，2月12日，毛泽东主席接见了西藏参观团，陈毅等人陪同接见。接见完毕，毛泽东让陈毅等人留下，交代此次赴藏应注意的事项，说了一番令陈毅深深折服的话。
毛泽东说：并非只有中国重视西藏，西藏的问题会引起全世界的注视。
西藏只有改革才有前途，但可以有别于内地的做法，采用赎买的办法。此次赴藏应该把中央坚持改革、民族团结的政策带去，处处说通道理，做好事，不强加于人。在谈到达赖想明年出访印度时，他说：达赖喇嘛是西藏一位宗教领袖，也是国家领导工作人员，他的行动是自由的，可以让他明年去印度。
在谈到印度驻中国大使想取道西藏回国时，他说：印度大使离任返国或返任来京，需要经过西藏，可予批准。这次谈话器度恢宏，对陈毅明确西藏之行的方针任务启发甚大。
3月12日，陈毅向中共中央提交了关于中央代表团去西藏工作方针、任务的请示。任务是：庆祝西藏自治区筹备委员会的成立，宣传中央的民族政策扩大党和政府在西藏地方的政治影响，进一步密切中央和西藏地方的联系，增进国内各民族相互间的关系，加强汉、藏民族和藏族内部的团结，帮助西藏工委解决一些工作中的重要问题。总的方针是：广泛接触、谦虚谨慎、加强团结、促进进步。中央批准了这一请示。
3月14日，毛泽东主席召见陈毅、汪锋，张经武交代赴藏任务和应注意问题。陈毅第二天向代表团全体人员传达时说：毛主席说西藏民族和汉族的隔阂不是一天两天就能消除的，我们在精神上应该准备等它10年20年。这次去西藏主要是庆祝西藏自治区筹委会的成立，而不是去作更多的事。我们主要地反对大汉族主义。反对了大汉族主义，才能说服各民族放弃地方民族主义。这点不能颠倒过来。这次去的任务不要多，希望不要大，对于土地改革、稳定物价、妇女工作等，要看情形去作，步子不要太快。
3月15日，周恩来总理接见代表团全体人员时，强调的也是反对大汉族主义。
陈毅对于反对大汉族主义态度十分明朗。中央代表团3月16日上路，在郑州、西安小停，到兰州作换车准备。3月28日陈毅在兰州给代表团全体人员讲话时，引人注目他讲到大汉族主义问题。代表团专门制订了《工作人员守则》和《宣传大纲》，这个《宣传大纲》却只讲汉族帮助少数民族，没有讲兄弟民族对祖国的贡献。在小组讨论时兄弟民族代表提出了意见。陈毅在讲话中说：“我以代表团团长、国务院工作人员的立场说宣传大纲的提法是不科学的，不符合事实的，是大汉族主义的。因而是错误的，应予纠正。”
他并且讲述了西藏、新疆、内蒙以及全国各兄弟民族对祖国的具体贡献。陈毅还讲：大家不要以改造者自居，否则“他们可能把我们当成钦差大臣。”
“毛主席说，我们不要象一股水冲进拉萨使他们害怕。分清主客，去祝贺的，不作别的。七八百人，汽车300多辆，水一样流到，不要把他们冲倒了。大家要作到‘客听主安排’。”
当然，陈毅决不会因为反对大民族主义就要大家谨小慎微，多握手少开口。他指出：对问题和困难不回避，有一是一，有二是二，要坦诚相见。“最近（西）康南有2000人的武装冲突。如有人问到可以讲，说农民不纳租，喇嘛去镇压，杀我们干部，打起来了，我们派兵去解决，但是争取和平解决。”
“讲道理什么问题都能解决的。”陈毅希望大家积极宣传，“否则，人家会说中央派了七八百个哑巴和尚到了拉萨。”
4月3日晨，代表团从西宁出发，这真是古今罕见的一个访问团。其罕见倒不在于规格高：在北京火车站曾有邓小平、贺龙等中央党政军负责人和各界群众600余人的欢送。其罕见恰在于行旅的规模庞大。800余人的队伍为何用300多辆大小汽车？原来正如周恩来所说：“这次去西藏自己能携带的尽可能带去，尽量少麻烦他们。”汽车上装的不但有足够的吃、穿、用、住（帐篷）所需各物，还带了大量的礼物，准备馈赠给从达赖、班禅僧俗官员起到大小喇嘛、群众代表。再加上文艺队伍五光十色，这队伍的盛况只有唐文成公主入藏的大队才能媲美。
如此热闹的队伍走的却尽是地广人稀的高原，最大的特色是“雪峰为伴”。头昏、恶心者甚多，许多人不得不用氧气袋。陈毅一路虽也有高山反应，但兴致甚好，遇有特别壮丽的山景，常停车摄影。休息时遇有沿途难得一见的牧民、矿工、农垦人员，也要和他们热情交谈，了解情况。过了温泉抵达德庆宗，已是一片桃红柳绿、鸟语花香。一路平安无事故，当团长的满心欣慰，写《乘车过雪峰》七言一首：昆仑雪峰送我行，唐古雪峰笑相迎。
唐古雪峰再相送，旭角雪峰又来迎。
七日七夜雪峰伴，不苦风砂乐晶莹。
同人举酒喜相贺，轻车已过最高层。
明日拉萨会亲友，汉藏一家叙别情。
4月17日，浩浩荡荡的汽车长龙游进拉萨。陈毅在日记中写道：“12时进入拉萨，有6万余人欢迎，空前盛况也。达赖、班禅率官员至接官亭迎接，即在亭内会谈井发表欢迎词，旋与余驱车检阅仪仗队，旋即告辞起驾回宫。另有官员陪余通过欢迎行列，到接待亭小坐，由藏员献哈达。旋出席群众大会，向数万人发表讲演，旋驱车通过群众行列。”
日记上还写了西藏官员昨日对达赖、班禅是不是出席群众大会“发生激烈争论”。陈毅让张国华去调停，同意达赖、班禅不出席群众大会，“始妥协作罢。”陈毅感叹：“按余出访外国时的礼节安排，并无如此紧张程度，西藏改革宜缓宜有耐心。”整个的欢迎仪式充分体现了尊重西藏民族的诚意。
4月22日，西藏自治区筹备委员会成立大会开幕。达赖喇嘛致开幕词。
陈毅代表中共中央、中央人民政府和毛泽东主席向达赖、班禅额尔德尼和西藏人民致以热烈的祝贺。陈毅在讲话中充分肯定了西藏和平解放以来汉、藏人民互敬互助取得的多方面的进步。陈毅还称赞达赖与班禅恢复了友好关系，实现了西藏内部的团结。指出今后西藏的主要工作就是进一步实现“团结、进步和更加发展”的方针。对于今后的改革问题，陈毅指出：改革是肯定的，《关于和平解放西藏办法的协议》中已有明确规定。但中央一向主张依据本民族的志愿来做，只有西藏民族的领袖和人民有了一致的要求和决心的时候，西藏地方的改革才可以进行。今后也应如此。陈毅还强调了培养足够数量的本民族干部的重要性，井预祝“在祖国各兄弟民族的互相帮助下，经过必要的改革，在几十年之内，西藏民族将以一个有高度发展的经济和文化的民族出现在祖国大家庭内，对社会主义祖国做出更大的贡献。”
参加这次大会的，有西藏各地区、各阶层、各教派和各群众团体的代表。
大会上，还有中央代表团32位代表分别代表各兄弟民族、各民主党派、各人民团体和党政各部门致贺词。会议期间，西藏各方面的代表踊跃发言，围绕着西藏解放以来的工作，筹委会组织简则和主要干部人选等问题认真讨论。
陈毅与中央代表团成员也积极参加讨论，随时解答各种疑问。特别是对代表们最关心的民主改革和康南发生的武装冲突详细他说明了真象，说明了政策。陈毅与代表团成员进一步强调了中央对于西藏改革“只许改好，不许改坏”的精神以及与内地的重大区别。西藏改革不采取开斗争会的方式，实行改革的结果，将使各阶层人民的生活都能逐渐提高。国家将采取适当的方式，保障贵族和喇嘛的政治地位和生活水平不致降低，坚决贯彻保护宗教和喇嘛寺庙的政策。达赖、班禅在各自的报告中对改革问题也作了必要的说明。出席大会的代表们在最后的大会发言中纷纷表示拥护中央的政策，要为将来实行改革创造条件。
大会通过民主协商选出自治区筹委会的领导人。一致通过了筹委会组织简则的决议，还通过了达赖、班禅额尔德尼、张国华、王其梅所作报告的决议。这次大会是圆满成功的。班禅额尔德尼在闭幕词中高度评价了这一成果。
大会后，中央代表团即分成几个分团在拉萨和到各地访问。陈毅率总团部行动。陈毅先后拜会了达赖与班禅，并接受他们的回拜，和他们分别进行诚恳亲切的交谈。陈毅等领导人还在拉萨分别接见了阿沛·阿旺晋美、噶丹寺的总法台噶丹赤巴和达赖的副经师赤江活佛、西藏地方政府助理噶伦夏苏和代理噶伦噶章、西藏地方政府首席噶伦索康·旺清格勒，以及噶厦、堪厅、昌都3方面三品以上的官员，还分别接见了白教噶玛巴、花教萨加法王、江孜敏珠林等活佛，昌都解放委员会副主任邦达多吉、委员松松、阿曲以及洛隆宗寺堪布等人。
中央代表团进藏期间，中央决定调拨大批粮食帮助西藏，4月份可运到3000万斤，5月份预计可运到5000万斤。代表团来时，还特意把许多农作物的优良品种随车带来。这是赠送给西藏自治区筹备委员会成立大会的寓意很深的礼物。陈毅以中央代表团团长身份亲自把其中一小部分精品送到达赖与班禅的手上。布施、礼物、纪念品，演出、慰问、参观，代表团到处受到热情的欢迎。
5月10日，陈毅率总团部一行离拉萨赴日喀则访问。当晚至旭各拉山附近宿营。因所处位置在海拔4800米以上，高山反应强烈，同行中有两人难以忍受而折返拉萨。在翻越5000多米的旭各拉山时，陈毅也脸色苍白，可是他却让停车观景。只见远远近近，群峰洁白玉立，唯有6000米高的旭各拉山峰，反倒全无冰雪，露着黑褐色的巨岩，嗟峨雄奇。陈毅艰难地喘着气，流连不去。医生劝他快下山，他却说：“如此奇景，人生难得第二回啊！”陈毅就是以“难得第二回”的精神，克服高山反应的痛苦，坚决前往日喀则的。
5月12日中午抵达日喀则，受到先期返回的班禅大师的热情欢迎，并参加万余人的欢迎大会。一连几天，陈毅一行在达赖、班禅派出的僧俗官员的陪同下，分别到寺院、医院、学校、居民新村、军营参观和慰问，还看了骑射表演。几十名日喀则郊区农民闻讯赶来向中央代表团敬献哈达和鸡蛋。
5月18日，陈毅在日喀则接见了堪布会议厅四品以上官员。和在拉萨一样，陈毅在讲话中强调西藏民族内部团结的重要性，强调噶厦、堪厅、昌都3方面要紧密团结，说过去帝国主义和反动政府就是惯用离间的毒辣手段，以达到他们控制和奴役的目的。中共中央和中央人民政府希望西藏民族内部团结，希望大家帮助两位大师做好工作。
陈毅一行动身来日喀则时，有人在背后说：陈毅要到日喀则说悄悄话去了。事实却是陈毅与总团部的一切活动都开诚布公，和拉萨一个样。
陈毅一行离日喀则东返，此行印象美好。前路却逢磨难，引日记两则为证：“5月19日，班禅大师来寓送别，同车渡年楚河，到雅鲁藏布江与年楚河会流处。群众万余人已集会欢送久等了。余在帐篷内与班禅建议，要与达赖、张国华3人如何保持团结和统一领导，并引毛主席对此问题所提供的各项原则与经验。班禅再次表示感谢我们的提示和指教。在送别大会上，班禅发言，依依不舍。余答词引李白诗：‘请君试问东流水，别意与之谁短长。’意即东流之雅鲁藏布江不及我们团结为人民服务的情长和义重也。”
“5月20日，上午8时半启行。昨夜头痛甚剧，启行后亦然。翻过东拉后，天大雪，翻旭角，风雪交加，愈来愈甚。下山到羊八井大草原，天开始晴，雨雪亦止。但头痛，体疲，坐卧不宁，为此行2月来最难过的遭遇。”
拉萨各界是在5月30日举行欢送大会的。此次访问“功德圆满”。至今西藏人士言谈及此，还很怀念陈毅。有的人还说，从古以来，进入西藏的汉人，只有两个是家喻户晓、口口相传的，一个是文成公主，一个就是陈毅。
飞机通航了。中央为确保安全，特派空军副参谋长张廷发专程到西宁布置，要西藏当雄机场现有4架飞机中先试飞两架到西宁，严格检查。
飞机小，装载不了许多人。各分团分别经青藏、康藏公路返回。6月4日，陈毅与西藏噶厦官员、中共西藏工委和西藏军区领导人一一告别，在当雄机场起飞东返。
1958年2月以后，陈毅的主要任务就是外交了。可是在中国人的印象中，这位陈老总在“广州会议”的讲话是他长期分管或兼管的科学文化的“施政”演说，是他对知识分子政策的“万言书”。
问题还得从头说起。
分管科学与文化，就是分管知识分子。国务院分工陈毅管这一门是很对的。
要管知识分子，自己就得热爱知识、尊重知识。陈毅对知识的追求是如饥如渴的。战争年代他的行囊或大或小，多半是书。当上海市长，他“微服”上街逛旧书店；对于善本古籍，只要有文史价值，不论内容“红黄兰白黑”，都下令图书馆、博物院妥为收藏保存或影印出版。调中央工作后，古籍书画较多的北京琉璃厂更是常客。有病住院，在他是乐事，可以大量读书。1955年1月，他牙病住院11天，除了每天送来的文件报纸不能不看外，他通读了杜甫集、《白氏长庆集》、冯至的《杜甫传》，还有罗曼罗兰的《约翰·克里斯多夫》。他不仅阅读，还在书上评点，在日记上写读后感。象对李白、杜甫、白居易，有的专家偏爱一个偏恶另一个到偏激的程度。陈毅写道：他们都“在一定程度上反映人民要求，这便构成中国文学上的优良传统”，“其价值应放在不同尺度上去估价，不可乐此恶彼。”
由于他知识丰富，而且能作胸襟宽阔、目光精微的分析评价，许多知识分子就愿意接近他，希望和他交朋友。陈毅在科学、文化界的朋友不仅量多，而且质高；不但是知友，而且是诤友。著名学者、商务印书馆的老板张元济，年龄比陈毅大34岁，陈毅与他也成为“忘年交”。1950年，张老83岁了。
因商务印书馆经济困难，发不出工资了，来向陈毅市长要贷款。陈毅却给他深谈改善经营管理之道，谈得老先生豁然开朗，钱也不要了，回去就搞整顿。
从此友谊更深，每年逢张老生日，陈毅必送筵席上门祝寿，调任副总理后也不忘记，直到1959年张老92岁仙逝。
陈毅副总理既然分管科学、文化，对共产党的科学、文化政策和知识分子政策的制订，其作用是很切实的，他能在自己力所能及的范围内提供意见或参予修改文件。
陈毅应召于1955年12月底赴杭州在毛泽东领导下参与农业发展纲要的修订工作时，他的文件包里还装着中央关于知识分子问题的指示的征求意见稿。同样也是急件，因为知识分子问题会议在1月中旬就要召开，他也得把修改意见正式写出来送中央。陈毅就双管齐下，交替进行。到1月4日，终于研究确定，陈毅给周恩来写信报告。信上说：“这几天搞十七条条文的修改补充，故把对中央关于知识分子指示意见一事办迟了。现各同志已提了一些意见，特送上供参考，”“我昨夜又把中央指示读了一遍，觉得该指示颇为全面。各同志的意见均已提到，只是应否对某几点着重多说一些的问题。
陈毅认为需要多说一些的问题主要就是一个：知识分子改造与资产阶级分子改造的区别。他写道：“??知识分子的改造与资产阶级分子的改造各有其难易。资产阶级改造在某几点上反较高级知识分子较为容易。即是说思想体系和作风的改造较之企业的物质改造当然是更困难，更应是长期的。”
“还应说精神与思想改造当然更要讲究方法，”“??把知识分子与资产阶级两种改造略作比较加一小段，我认为有必要。”
陈毅还转达了毛泽东几次与他们谈话中“约略谈到的意见”：“一、认为中央关于知识分子文件不如工商改造指示明确。二、许多问题应提得恰如其分，免翘尾巴。三、认为曾希圣提的对中层知识分子的关心和处理也应写到指示中。”
北返途中，毛泽东与修订农业发展纲要的原班人马讨论了关于知识分子问题的指示。回到北京，陈毅到家就接到周总理的通知，要他参加修改关于知识分子问题的报告，他随即去参加修改。日记中记着，他直到深夜1时半才回家。
因此，周恩来1956年1月14日在中共中央召开的关于知识分子问题会议上的报告，也包括陈毅意见在内。
正如陈毅所说，关于知识分子问题的指示和周恩来的关于知识分子问题的报告是“颇为全面”的。对知识分子充分发挥其力量，不断提高其政治觉悟，大规模扩大其队伍，尽可能迅速地提高其业务水平，都讲到了，报告强调了知识分子在各条战线上的重要作用，也强调了“党中央认为：对于旧时代的知识分子必须帮助他们进行自我改造，使他们抛弃地主阶级和资产阶级的思想，接受工人阶级的思想。”报告特别指出：“目前在知识分子问题上的主要倾向是宗派主义，但是同时也存在着麻痹迁就的倾向。”还具体规定，“必须保证他们至少有六分之五的工作日用在自己的业务上，其余的时间可以用在政治学习、必要的会议和社会活动方面。”指示和报告都是符合当时知识分子队伍基本需要的，对知识分子的队伍中先进、中间、落后和极少数敌对的情况也有明确的分析，并没有象在实践中特别是在反右的“拔白旗”以后那样给广大知识分子一律扣上资产阶级知识分子的帽子。
所以这次关于知识分子问题的指示和报告，与随后不久毛泽东在《论十大关系》讲话中提出的“百花齐放、百家争鸣”的方针，鼓舞了广大的知识分子，激发起加强自身思想改造、学习马列主义和钻研业务的热情。
1957年的反右派斗争陈毅没有参加。因为他在1956年秋季因疲劳过度，在出席印度驻华大使的宴会中突发脑贫血晕倒；经查还有高血压、动脉硬化、心肌硬化等病，休养长达一年多未能视事。
然而作为副总理的陈毅即使能够“视事”又有何用呢？反右扩大化之风刮起后，不可抗拒。陈毅的好友不止一个被划为右派。陈毅的成都者同学、勤工俭学同去法国、同被押回的金满城，在人民文学出版社工作，也被打成右派。陈毅所能做到的，只是照常和他来往，并汇集大包材料，让他撰写有关留法勤工俭学的书稿，使他得到些慰藉而已。
当然，既然管科学、管文化，在具体工作上陈毅还是有权照顾各种人才，促进各种业务的。他对中国围棋（以及象棋）的发展所作的贡献便是突出事例之一。他多次召集棋艺界讲话，传达中共中央的关怀和国务院的规定。他告诉大家：贺老总同意了，钱由他出，编制上划归体委管理，待遇可按大学教授、讲师的标准，可以自办棋类刊物，出棋谱、出个人专辑，光明、文汇、新民等报刊可登载棋谱和比赛情况。在他的鼓励和支持下，新中国第一部《围棋名谱精逊很快问世。陈毅的题词说明他的见地。
纹枰对坐，从容谈兵。
研究棋艺，推陈出新。
棋虽小道，品类最尊。
中国绝艺，源远根深。
继承发扬，专赖后昆。
敬待能者，夺取冠军。
后来，他又把围棋溶合进中日友谊的暖流中去，确实推动了两国棋艺的发展和人民的友好。日本棋院先后授予他名誉七段、名誉八段。
对于多种体育、文艺活动，他都很关心，而且积极使他们成为外交工作的开路先锋，东方歌舞团便是他很重视的“文艺大使”。
运动一个接着一个，“大跃进”和人民公社运动又来了。陈毅的头脑一度发热膨胀，也跟着说了一些冒进的话，但当外交部院子里也筑起了小高炉冒烟炼铁的时候，他的头脑很快清醒起来。外交部不办外交！化大功夫去炼报废的铁疙瘩！尤其是全国不讲科学，把真正的科学家耻笑为扯革命后腿的资产阶级知识分子，使陈毅感触殊深。
有人认为陈毅敢于作广州会议上的讲话是因为1962年1月毛泽东已在七千人大会上作了自我批评。那是有根据的，因为陈毅广州会议上的讲话鲜明地引用了毛泽东在七千人大会上的话：“你们要相信过去三年有时候我们是做蠢事呀！我们是很蠢的呀！”陈毅还明白他说：“我参加了中央七千人的扩大会，我才敢讲。”但是也应看到，在这之前，陈毅对党在思想战线上的“左”倾早有感受，也早有批评。在1961年3月22日，在中南海紫光阁召开的戏曲编导工作座谈会上（这会正是他建议召集的），他出语惊人：“我看到有些文章把古人骂得一塌糊涂，把李清照完全否定了。李清照当然有她的局限性，她不可能超过那个时代去解决问题。”“有篇文章讲陶渊明，为什么当时不去和九江、郡阳湖的起义军结合，却坐在那里喝酒，因此认为陶渊明的诗一无是处。”“不仅历史上的人物都有缺点，就是我们这个时代的人，也都有缺点。毛主席从来没讲过他没有缺点。”“我们今天不要把毛主席神化。凡是把毛主席神化的人是别有用意的。”“不仅过去的时代有局限性，我们这个时代也有局限性。封建阶级有局限性，资产阶级有局限性，无产阶级也有局限性。我们只能尽量做我们这一代所能够做到的事，不是说一切事情我们都能做。”“今天，在农业方面，有人想很快就跳到共产主义，刮共产风，犯了错误??就是毛主席也不能超过今天时代去解决问题，否则就要犯错误。”
1962年3月2日，全国科学家座谈会和全国后剧、歌剧、儿童剧创作座谈会同时在广州召开。周恩来给两会的报告中重申了他认为中国知识分子的绝大多数已是劳动人民的知识分子的论断。小组会上科学家、剧作家倾诉了几年来遭受“左”倾思潮迫害的痛苦：被“拔白旗”点名批判，乃至开除党籍遣送劳改的人数，竟占了与会代表的大部分！
陈毅又惊又怒，他是共产党员，党教导他既要反右也要反“左”，在“左”倾思潮依然猖獗的年代他不能不挺身战斗。
“工人、农民、知识分子，是我们国家劳动人民中间3个组成部分，他们是主人翁。不能够经过了12年的改造、考验，还把资产阶级知识分子这顶帽子戴在所有知识分子的头上，因为那样做不合乎实际情况。”“你们是人民的科学家、社会主义的科学家、无产阶级的科学家，是革命的知识分子，应该取消资产阶级知识分子的帽子。今天，我给你们行‘脱帽礼’！”
说到此，陈毅站起，向全场知识分子深深地鞠了一躬。当然是掌声雷动。
陈毅继续说：
“12年的改造，12年的考验，尤其是这几年严重的自然灾害带来的考验，还是不抱怨，还是愿意跟着我们走，还是对共产党不丧失信心，这至少可以看出一个人的心！”
“10年8年还不能考验一个人，10年8年12年还不能鉴别一个人，共产党也太没有眼光了！??今天我们团结的人不是多了，而是太少了！科学家是我们的国宝！真正有几个能替我们解决问题的人，一个抵几百个！??愚昧是个很大的敌人。帝国主义是个敌人，封建势力是个敌人，愚味——几万万人没有知识、没有科学知识，也是很大的敌人。”
陈毅讲话很大的特色是态度明朗，这次他更是毫不含糊地提出一个尖锐的问题。那便是在“有些党的领导机关”和知识分子之间“产生了矛盾，伤了感情，伤了和气”。“这里面有个是非，总有一方面对一方面不对。只有弄明哪一方面主要是对的，哪一方面是错了，才能够团结起来。如果来一个两边都对，或两边都不对，各打50大板，不能解决问题。”显然，“经过了12年的改造、考验，还把资产阶级知识分子这顶帽子戴在所有知识分子的头上，”是有些党的领导机关不对，“因为那样做不合乎实际情况。”而且，“有很多事情做得太粗暴、太生硬。”明确他说“有些党的领导机关”是“错了”，而“对的”却是知识分子，这是惊人的。
陈毅讲话还更深一层触及矛盾的实质，那就是某些党政领导干部缺乏民主作风。陈毅认识到问题很严重，很危险。他说：“我是心所谓危，不敢不言。我垂涕而道：这个作风不改，危险得很！??严重到大家不写文章，严重到大家不讲话，严重到大家只能讲好，这不是好的兆头。将来只能养成一片颂扬之声??危险得很呵！”弄得科学家们见你吹亩产一万斤，也不敢说话；见你的大水库不合科学原理将来要造成灾难，也不敢提批评意见。如果为了人民利益鼓起勇气提了批评，“一批评就是反党，一批评就是反社会主义，就是资产阶级知识分子。”陈毅说：“我们共产党就是有点民主，自己能够谦虚，能够团结人，大家愿意加入共产党，舍死忘生的来进行战斗，这样才打败了反动派。假使有今天这种情况，共产党还能够胜利吗？”
关于领导作风和领导方法的问题，陈毅在这次讲话中说到了“无为而治”。这四个字后来成了陈毅的一大罪状。这里特地把他的真正的意思长文引用：“在井冈山的时候??一个战斗的布置，我们大家参加，军事指挥员：军长、师长、团长，有时营长、连长都参加，我们（党代表）也参加。战斗一发生了，毛主席就说：‘我们走，你跟我来。让他们（军事指挥员）去指挥。我们在那里很麻烦，弄得指挥员很难下决心。你在那里，他要征求你同意，不征求你同意，独断专行，将来要受批评，打了败仗，说他目无党代表。
要征求你的同意呢，商量来商量去，丧失时机，让他一个人在那里，当机立断，马上就进攻，或者是撤退，或者迂回，或者把预备力使用上去。避免多头指挥。实际上我们也没有实际作战的指挥经验，我们只抓作战计划，定下来就行了，以后就让他们有经验的人去搞。’——唉，我很长知识呵！因为我这个人，恰恰就是什么都要干涉，也是仿佛有那么个精神：把革命的一切都要包办完的。很多指挥员最恼火我，经毛主席这么一搞，把我这脑筋就搞得通了一点，以后我就好办了。所以有很多事情，看来是可以无为而治的。
什么事情都去领导一番，反而会领导坏了，有些不去领导，反而好一些。要懂得，领导有领导成功的，也有领导失败的。有把握领导成功的就去领导，没有把握就不去领导，就让有经验的去搞，自己‘坐享其成’。??党委领导业务，也是要通过党的专家来领导，和专家合作，取得他们的帮助来实现领导。毛主席讲过，共产党员不懂自然科学，怎么办呢？通过专家，委托他们来领导。或者帮助专家提高政治，吸收他们入了党，通过他们来领导。”
显然，陈毅所主张的完全不是放弃领导。相反，他对怎样实现领导有很正确的严格要求。他以军队的一个班作比喻：“人民解放军的班长，打仗冲锋，班长是第一个??其余的人跟了来，这个领导，是带头。分东西班长最后分，??吃饭，人家装满了，班长才去装了来，什么领导？你要讲领导，就是要带头，吃苦在前，享乐在后。??所以现在领导这两个字，要加以正确的解释。讲党领导一切，主要是路线、方针、政策??至于专业问题，最好不要乱干涉。”
陈毅这篇讲话的主要内容，是在改善党对科学文艺、对知识分子的领导。
如果所有党的领导机关，都能象陈毅所说的这样来领导，那就必然能团结广大的知识分子以及工农兵群众，心情舒畅、斗志昂扬地跟着党的正确路线走。
文艺工作者听着这样的讲话，怎能不欢欣鼓舞！笑声、掌声??当年的记录稿注明，在陈毅这篇3万余言的讲话中，会场里响起60多次掌声和笑声。
但是，“党内”有人不满意了。据说中共上海市委第一书记柯庆施下了指示，不许传达陈毅的讲话。怕什么？怕“翘尾巴”。普通的党员干部也有的说，要不是看见文件上写明陈毅，还以为是“右派分子”的讲话呢！
就是这样的一个陈毅，“二月逆流”中成为“黑司令”是理所当然的。
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