正如粟裕分析的那样，部队虽然撤出两淮，但胜利的条件仍在。为确保涟水这个北上齐鲁、南下京沪的战略要津不为敌所占。野司领导频繁敌向陈毅和延安发报，陈述主张，决定在涟水打一场大的歼灭战，极挫敌之锐气，保证大军棉衣及几十万担军粮转运。

       新四军撤出两淮以后，华中战局发生了重大变化，南北两线国民党军队对华中形成半包围态势，主战场将转入解放区纵深地区，然而，山东野战军和华中野战军在淮海地区会师，有必要也有可能从战略上配合作战转变为战役上协同作战。如何迅速改变战局，夺取战争的主动权，成为当时战略决策的中心问题。粟裕认为，随着战争向解放区纵深发展，战线逐步缩短，敌我双方兵力更加集中，战役的规模越来越大，将是战争发展的必然趋势。两大野战军会师，为我军集中兵力打大歼灭战创造必要条件。争取主动、改变战局的关键，在于集中更大兵力打更大规模的歼灭战。只有大量歼灭敌人的有生力量，才能打破敌人的战略围攻，掌握战争的主动权，使战局朝着有利方向发展。

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       9月20日，即撤出淮阴的第二天，粟裕就和邓子恢、张鼎丞、谭震林一起发电报给中共中央军委和新四军军部，提出两个野战军集中行动以改变战局的建议。电报说：“为了改变华中局势，我们建议，以集中华中、山东两个野战军攻下宿迁，得手后再向西扩张战果，攻占睢宁、灵璧、泗县，并扫除陇海东端之曹八集、大许家等处敌人，以恢复淮北路东地区；第二步攻占津浦路，配合刘邓包围徐州。这样李延年部必然东调，我可在其运动中求得逐步歼灭敌之有生力量。” 陈毅于9月21日发电报给中共中央并张鼎丞、邓子恢、粟裕、谭震林同意华中分局建议，山野、华野集中由淮海区向西行动的办法，并主张两个野指合成一个。张、粟、谭和陈毅的电报先后传到中共中央所在地延安。9月22日和23日，中央军委先后发出由毛泽东起草的两份电报，同意集中两个野战军“统一指挥，向淮海行动，打开战局”，并且指示：“山野、华野两军集中行动，两个指挥部亦应合并。提议陈毅为司令员兼政委，粟裕为副司令员，谭震林为副政委。如同意，请即公布执行。”这个战略决策和与之相应的组织决定，是在上下结合的基础上做出的，并且为后来的战争实践证明是正确的。但在实际落实中，却经历了一个艰难曲折的过程。粟裕接到中共中央9月23日电示，立即率新四军华中野战军主力由益林县城(现阜宁益林镇)北移涟水以东地区，并指示华中野战军司令部赶印淮海地区的地图，准备执行两军会合在淮海作战的任务。两军会合以后第一仗怎么打，才有取胜把握和有利于转变战局?在中央军委和陈毅、粟裕之间进行了反复地讨论。9月26日，中央军委发电报给粟裕、谭震林：“山野、华野会合后，第一仗必须打胜。你们对于当前战役意见如何?两军何时可在何地会合?你们两人是否应当早日去陈处共同计划一切?”

       9月27日，粟裕、谭震林将与陈毅会商的结果报告中央军委，说华野与山野已在涟水南北地区会合，并与陈毅反复会商作战部署。陈毅提出，集中21个团歼击由宿迁东进的桂系第七军。粟、谭建议，第一仗以打国民党军整编第74师为宜。电报回答中央军委关于当前战役询问时说：“我们意见，两军会合，初战必须全胜。华野全部经两淮月余之战斗，未得休整之前，暂不宜与桂顽进行恶战。山野部队亦应以先打较弱之敌以提高士气为宜。如我主力与桂顽决战于沭阳、涟水中间地区，沭阳和涟水两城有被74军及69师攻占可能。因此，我们曾建议以山野一部守沭阳，使一部钳制桂顽，而集全力解决由两淮进攻涟水之敌74师(可能有28军之一部配合)，而后再依战况发展，集全力歼灭69师或桂顽。如获全胜，也可乘胜收复两淮”。

       中央军委于9月28日电示陈毅：“两军会合第一仗必须打胜。我们意见：一、不要打桂系，先打中央系；二、不要分兵打两个敌人，必须集中打一个敌人。”

       粟裕分析华东战区敌我态势及其发展趋势：徐州绥靖公署主任薛岳指挥下的12个军(整编师)29个旅。我军必须在1946年冬到1947年春歼敌20个旅20万人，才能根本改变华东战局。只要在指挥上不犯错误，是可以完成这个艰巨任务的。淮海地区的作战是有决定意义的作战。淮北战斗之胜败，不但关系华东及山东之安稳，而且对全局都有重要之作用。如果我在淮北把敌人打下去，逼迫蒋介石无法分向其他方向增援，这对山东、热河、东北、山西都是一个直接的援助。9月30日，他和张鼎丞、邓子恢、谭震林、曾山联名，将上述分析和估计报告中共中央和华东局。同一天，中央军委电示陈毅、粟裕、谭震林并告刘伯承、邓小平：“你们须力争于三个月内外歼灭薛岳7至10个旅，刘邓则担任歼灭5军及11师。总之，今后一时期内，主要打击薛岳，转换战局。中央军委和粟裕的电报同时发出，不谋而合，对华东战局、主要打击对象和作战任务的分析判断几乎完全一致。

       根据中共中央的指示，陈毅与华中分局诸同志一起，商定了作战部署以及山野、华野合并后的指挥体制，于10月1日上报中共中央。陈毅在报告中提出，集中山野、华野主力于宿迁、沭阳之间，六塘河以北地区，准备歼灭渡运河东进之敌，或西渡运河收复淮北。报告中还说：“两次到分局会议，他们战争方针很正确”，“今后集结张鼎丞、邓子恢、粟裕在一起，军事上多由粟下决心，定可改变局面”。

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       10月3日，中共中央电复陈毅并告张鼎丞、邓子恢、粟裕，指出：“部署甚好，望坚决执行” “希望你们在淮海方面打几个大胜仗” “目前你处与刘邓之任务是集中全力歼灭薛岳十个旅左右，即能转换战局”中共中央这个战略决策和相应的组织决定，由于敌情的变化和我军内部不同意见的讨论，未能立即付诸实施。
      
       10月上旬，敌情发生变化。国民党军队得知新四军华中野战军主力北移，并且得知山野、华野主力有进攻宿迁、截断其后路的企图，便采取避实击虚的策略，一面由淮阴、淮安东犯涟水，威胁华野后方，一面由鲁南进占峄县、枣庄，威胁山东解放区首府临沂。10月7日，粟裕和张鼎丞、邓子恢连发3封电报给陈毅，建议首先歼灭由淮阴、淮安东犯涟水之敌，同时积极准备执行淮北作战任务。他们认为，如此才能保障坚持苏中之后路，对今后进入淮北亦有很大帮助，否则苏中全失，于华中不利，于山东及整个大局亦不利，并且提出：“盼军长来此间统一指挥”电报中说：“我们始终认为，统一指挥是今后取胜的基本条件，因此建议山野、华野司政机关必须合并，不要仍存两套司、政” “为确保指挥统一、指挥协同计，建议陈、粟会合在一起”陈毅于10月7日和8日电复张鼎丞、邓子恢和粟裕，同意华中野战军南移的作战计划，同时提出：“目前趋势是分布南北作战，你们南下负责打南面，我在北面照顾” “如鲁南紧张，则应考虑山野回固根本” “我便不能南来你处，只好分任南北” 10月9日，陈毅决定山东野战军回师。他在发给中共中央并告华中和山东负责人的电报中提出：“我意山野必须迅速回鲁，华野应迅速北上或派队巩固淮海区” “或竟不顾淮海糜烂，让山野北上打仗之后再南下。”

       华中分局张鼎丞、邓子恢、曾山接到陈毅10月9日电报，当天就发电报给中共中央，陈述自己的意见。他们认为：“山野、华野分开行动，对将来战局无法改变，对全国战局亦有害处”因此“坚决反对陈这种布置。”第二天又发电报给中共中央并告涟水前线的粟裕、谭震林，说他们三人当天就去陈毅军长处商谈。

       他们的做法，无论是向中共中央报告自己的意见，还是向陈毅当面陈述自己的意见，完全符合中国共产党的组织原则，是党内政治生活的正常现象。当时，粟裕正在涟水前线，并未参与张鼎丞、邓子恢、曾山发电报提意见这件事。恰在此时，敌情又发生变化。两淮地区的国民党军队得知华野主力南下，立即停止向涟水进攻，而集结于两淮附近。粟裕和谭震林决定，停止与两淮东进之敌作战，华野主力转兵北上。粟裕、谭震林于10月10日将上述决定报告华中分局。10月11日，粟裕发电报给中共中央并陈毅和华中分局，建议集中山野、华野主力沿陇海路西进，威胁徐州，直逼津浦，迫使鲁南、淮海之敌回援。他说：“目前鲁南局势骤紧，此对华中之坚持亦有极大影响。鲁南不保，华中将难于坚持。但华中如不能坚持，则将使我大军局促于鲁中地区更为不利，造成山东莫大困难。为挽救此种危局，非集中华野、山野全力以赴不可，为此必须抛开次要，求其主要”他还特别说明，这个方案完全是从全局利益出发。“对鲁南极有利，唯华中要吃亏，特别是后方冬衣(均在曹甸以东地区)有损失可能”中共中央考虑了各方面的意见，于10月13日发电报给陈毅、张鼎丞、邓子恢、粟裕、谭震林，明确指示：“你们仍照过去决定集中山野、华野全军(包括八师)在淮海地区打几个大仗，开展局面，对淮海本身，对鲁南，对苏中，对配合刘邓均好，对将来出大别山转入外线作战(几个月之后)亦有利。”

       陈毅接到中共中央指示后，提出了山野、华野全军入鲁主张。他在10月13日发给中共中央的电报中说：“目前行动以迅速出击鲁南为宜。在淮北，敌有准备，工事坚固，敌渡河有困难，战场不好。在鲁南，战场好，供应便利，易求运动战，可避开桂系。山野，华野同去，胜利有把握。”对于这场有关战略出击方向和出击时机的争论，中共中央采取极为慎重的态度。10月14日8时至9时，1个小时之内，毛泽东为中央军委起草两份电报，一份发给陈毅，一份发给张鼎丞、邓子恢、粟裕、谭震林。

       中央军委给陈毅的电报说：“现在因感渡运(河)向西作战困难，而主张全军入鲁，假如入鲁后仍感作战困难，打不好仗，而苏北各城尽失，那时结果将如何?且渡运作战是你自己曾经同意之方案。此次你与张、邓、曾等会商，亦以渡运河作战列为方案之一。何以元亥电又不相同?如按元亥电实行，你与张、邓、粟、谭诸同志间关系是否将生影响?请对各方利害分析再告。”

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       中央军委给张、邓、粟、谭的电报说：“陈军长元亥电仍主张山野、华野全军去鲁南，你们意见如何?速告。你们觉得全军去鲁南歼敌把握如何?如确有歼敌把握，自以去鲁南打较在淮海打为有利。因鲁南敌歼灭后，即可出陇海、淮泗，对华中局面并非不利，问题是歼敌究以在何地为宜。”

       粟裕接到中央军委的电报后，认真分析在淮海作战和在鲁南作战的利弊得失。他认为，从战略防御阶段的作战要求来看，把鲁南作为诱敌深入的底线固然比淮海好。但是，从战局发展趋势来看，也存在四个必须认真考虑的问题。第一，蒋介石军队当前的进攻重点在华中，如果我全军立刻入鲁，敌人的进攻重点也将由华中转入山东，华中将过早地丧失，对于我长期作战不利；第二，两淮失守后，敌人已对我军形成半包围态势，如果不在淮海地区打一个大规模的歼灭战，下一步作战就会陷入腹背受敌的困境；第三，我军撤出两淮，在群众中引起了一定程度的思想波动，如果不打一个胜仗就全军入鲁，对民心、军心不利；第四，为在苏北敌后开展游击战争，也需要主力部队再打一个胜仗。因此，全军入鲁前，应当在淮海地区打一个好仗。在中共中央、中央军委的指导下，经过反复商谈，陈毅与华中分局诸同志取得一致意见，决定暂缓去鲁南，而首先在淮海地区打几个好仗。10月15日，陈毅与张鼎丞、邓子恢、曾山将商谈结果报告中共中央，当天就收到中共中央的复电。中共中央的复电指出：“决心在淮北打仗，甚慰。南京息，蒋方计划引我去山东，我久不去，乃决心与我在淮北决战。此种情况于我有利。望你们集中山野、华野全力(决不可分散)歼灭东进之敌，然后全军西渡收复运西，于2至3个月内歼薛岳7至10个旅，就一定能转变局势，收复两淮，并准备将来向中原出动。为执行此神圣任务，陈、张、邓、曾、粟、谭团结协和极为必要。在陈领导下，大政方针共同决定(你们六人经常在一起以免往返电商贻误戎机)，战役指挥交粟负责。”一场关于战略出击方向和指挥体制的讨论，在中共中央的直接指导下，终于尘埃落定。

       中共中央做出了一个不同寻常的组织决定：在司令员在位的情况下，赋予副司令员以战役指挥权。这不仅在当时各战略区、各野战军中是绝无仅有的，在中外军事史上也是不多见的。陈毅和华中分局诸同志按照中共中央的战略决策和组织决定统一行动，山野、华野主力集结于沭阳、宿迁两侧，待机击破东犯之敌。10月18日，陈毅、粟裕、谭震林联名将上述部署报告中共中央军委。中共中央军委第二天复电指出：“部署很好，望坚决执行”。从此以后，粟裕就担负起合并后的华中野战军与山东野战军以及后来正式组成的华东野战军的战役指挥重任。